胭脂鱼的常见疾病有：烂鳃病、肠炎病及营养性不良、泛池和寄生虫病等。
（一） 烂鳃病 在胭脂鱼成鱼和幼鱼阶段均有发生。由于胭脂鱼有集群习性，故该病一旦发生，即迅速感染，有时可导致大量死鱼现象。防治方法：一是大量换注水，改善池塘水质 状况；二是鱼种放养前彻底清塘，养殖过程中定期消毒水体和食场。当鱼病发生，用0.2~0.5毫克/升呋喃唑酮或1毫克/升漂白粉全池泼洒，连续2~3 天；同时拌饵内服鱼服康（100千克鱼用量为50~100克）或红霉素（100千克鱼30克有效成分），1天1次，3天为一个疗程。
（二） 肠炎病 胭脂鱼苗种及低龄鱼种主要疾病。在饲料及环境条件差的情况下易发生；流行季节为6~9月。防治方法：一是不喂变质腐败饲料；二是加强水体消毒工作。在疾病 发生时；全池泼洒漂白粉或0.3~0.4毫克／升强氯精；同时，内服磺胺胍（或土霉素）药饵，每50公斤鱼第一天用药5克，第二天开始减半，连用6天为一 个疗程，就可效治愈肠炎病症。
（三）萎瘪病 一种营养不良症。在胭脂鱼苗种培育中，高密度或饵料跟不上池塘易发生。防治方法：平时应加强饲养管理，合理放养鱼种，保证鱼苗、鱼种有足够的优良饲料供应。发生萎瘪症状时，可将病鱼分隔饲养，投喂营养价值高的水
蚯蚓，可缓解病情。
此外，在胭脂鱼苗种培育过程中，也时常发生小瓜虫和车轮虫等寄生虫病，防治小瓜虫病采取全池泼洒0.1~0.2毫克/升硝酸亚汞的方法；防治车轮虫则使用硫酸铜和硫酸亚铁合剂。