由于目前我国的地理标志产品几乎都是你能够产品，而农业部相对于以上两个部门，在农业管理过程中对某地域特定产品的特殊品质、产品地域范围的划定、生产过程的监控等都更为熟悉，因此农业部门认为由其来执行农产品地理标志的认证和管理工作效率相对更高，引发的纷争较好。2007年12月，农业部发布了《农产品地理标志管理办法》，并随后开始接受申请并颁发了农业部的“农产品地理标志”专用标志。截至2010年8月底，全国共有643件农产品获得农业部登记注册 。
申请者可以向以上三个单位任意一家进行产品地理标志申请，三部门的认证结果具有相同的效力，申请人只需按照各部门流程规定，准备好充分的申请材料，均可顺利进行地理标志申请，无须多部门重复申请。
此外，农产品地理标志登记管理是一项服务广大农产品生产者的公益行为，主要依托政府推动，登记不收取费用。《农产品地理标志管理办法》规定，县级以上人民政府农业行政主管部门应当将农产品地理标志管理经费编入本部门年度预算。
6、 申请产品地理标志主要程序？
申请产品地理标志的程序主要分为两大步，第一步为产品申报审批程序，第二步为专用标志使用的申请、审核和注册程序。（以向国家质检总局申请为例）：
（一）产品申报审批程序
1、地理标志产品申报：
（1）地理标志产品保护申请，应由当地县级以上人民政府指定的地理标志产品保护申请机构或人民政府认定的协会提出；
（2）由提出单位组织专家考查、论证该地理标志产品的产地范围，并由当地政府（县级以上）提出产地范围的建议（政府正式行文）；
（3）撰写该地理标志产品保护申请书，产品质量特色与产地的自然因素和人文因素之间关系的说明，产品标准以及生产、销售和历史渊源等方面的资料；
2、受理：将上述地理标志产品保护申请及相关资料呈报国家质检总局进行形式审查，经审查合格的产品发布受理公告，公示期为2个月；
3、技术审查：对公告期满无异议的产品，由国家质检总局主持召开专家技术审查会，申请人做地理标志产品的陈述报告并就专家提出的问题进行答辩，专家审查组做出审查结论；
4、批准：国家质检总局对审查合格的产品发布批准公告，即日起对所申报的地理标志产品予以保护。
（二）专用标志使用的申请、审核和注册程序
１、地理标志产品产地范围内的生产者使用地理标志保护产品专用标志，应向当地质量技术监督局提出申请，并提交相关资料：
(1) 专用标志使用申请书；
(2)当地政府主管部门出具的产品产自特定地域的证明；
(3)有关产品质检机构出具的检验报告；
2、经省级质监部门审核；
3、报国家质检总局审查合格注册登记后，发布公告，生产者按专用标志有关规定在其产品上使用地理标志产品专用标志，获得地理标志产品保护。
7、地理标志是否有有效期
根据国家质检总局规定，获准使用地理标志产品专用标志资格的生产者，未按相应标准和管理规范组织生产的，或者在2年内未在受保护的地理标志产品上使用专用标志的，国家质检总局将注销其地理标志产品专用标志使用注册登记，停止其使用地理标志产品专用标志并对外公告。
根据工商总局的规定，集体商标、证明商标注册的申请日期 ,以商标局收到申请书件的日期为准,自核准注册之日起,有效期为十年。十年期满后,若继续使用,须办理续展注册。商标法第三十八条规定,注册商标有效期满,需要继续使用的,应当在期满前六个月内申请续展注册,在此期间未能提出申请的,可以给予六个月的宽展期。宽展期满仍未提出申请的,注销其注册商标。每次续展注册的有效期为十年。续展注册经核准后,予以公告。
根据农业部的规定，农产品地理标志登记证书长期有效。有下列情形之一的，登记证书持有人应当按照规定程序提出变更申请：登记证书持有人或者法定代表人发生变化的；地域范围或者相应自然生态环境发生变化的。
8、如何获得地理标志的使用权？
2002年9月15日实施的《中华人民共和国商标法实施条例》规定，以地理标志作为证明商标注册的，其商品符合使用该地理标志条件的自然人、法人或者其他组织可以要求使用该证明商标，控制该证明商标的组织应当允许。以地理标志作为集体商标注册的，其商品符合使用该地理标志条件的自然人、法人或者其他组织，可以要求参加以该地理标志作为集体商标注册的团体、协会或者其他组织，该团体、协会或者其他组织应当依据其章程接纳为会员。
符合下列条件的单位和个人，可以向登记证书持有人申请使用农产品地理标志：生产经营的农产品产自登记确定的地域范围；已取得登记农产品相关的生产经营资质；能够严格按照规定的质量技术规范组织开展生产经营活动；具有地理标志农产品市场开发经营能力。
使用农产品地理标志，应当按照生产经营年度与登记证书持有人签订农产品地理标志使用协议，在协议中载明使用的数量、范围及相关的责任义务。
9、地理标志使用人有哪些权利和义务？
农产品地理标志使用人享有以下权利：可以在产品及其包装上使用产品地理标志；可以使用登记的产品地理标志进行宣传和参加展览、展示及展销。
产品地理标志使用人应当履行以下义务：自觉接受登记证书持有人的监督检查；保证地理标志产品的品质和信誉；正确规范地使用产品地理标志。
10、国家对产品地理标志如何监督管理？
县级以上人民政府相关主管部门应当加强产品地理标志监督管理工作，定期对登记的地理标志产品的地域范围、标志使用等进行监督检查。登记的地理标志农产品或登记证书持有人不符合相关规定的，由注册部门注销其地理标志登记证书并对外公告。对于伪造、冒用农产品地理标志和登记证书的单位和个人，由县级以上人民政府农业行政主管部门依照《中华人民共和国农产品质量安全法》有关规定处罚。