锦鲤孵出3～4天的仔鱼，卵黄囊吸收完毕，开始外源性营养。如天然饵料不足，应投喂熟蛋黄汁或轮虫，并改善水质状况。7～8天后，改喂稍大些的食物，如枝角类、鱼糜或颗粒饵料。仔鱼经20～30天饲养，体长达3厘米时，就要进行挑选(筛选)，去劣留优，保持种质的优良性状。挑选工作在孵出后3个多月内进行3～4次。挑选因品种的不同、生长速度和斑纹出现时间等方面的差异而略有不同。例如，昭和三色锦鲤在孵出后2周多时开始挑选，黄金系统锦鲤则在50天开始挑选，红白系和大正三色系统的锦鲤在60天左右开始挑选。挑选时，首先去掉畸形、色彩不鲜艳的鱼，还要依照花纹的生长状况和质量标准进行挑选。红白系锦鲤应淘汰红斑纹颜色淡的个体。黄金系锦鲤头部无光泽、鳞片覆盖不好、鱼体杂斑多、胸鳍生长不好的个体均应淘汰。锦鲤在饲养过程中淘汰率很高。例如，亲鱼产10万粒卵，获仔鱼6万～7万尾，培育成夏花时还有3万尾，经第一次挑选剩1.6万尾，到秋季越冬时，只剩3 600尾左右。
第一次挑选后，留下的幼鱼可放入面积5米×5米的鱼池，水深30～50厘米，密度为120～150尾／米。。第二次挑选后留下的鱼，放养密度为90～120尾／米。以后逐渐稀疏。当鱼体长达10～20厘米时，放养密度应视水体大小、水质状况、设备条件和养殖技术等因素综合考虑。挑选后的锦鲤，可喂豆饼、菜籽饼、颗粒饵料，或水蚯蚓、软体动物、浮萍等饵料。投饲率为鱼体重的10％～30％。并要经常换水、清污。